Pubmedを検索する　RパッケージRISmedを使う

PubmedをRで検索するライブラリRISmedを試してしてみます。

こちらのサイトを参考にさせていただきました。
Musings from a PhD candidate

まずはRISmedをインストール。

install.packages("RISmed")

レトロトランスポゾンで検索した結果を、barplot()を使ってグラフを書いてみます。
1970年から2013年の件数を抽出します。

library(RISmed)

tally <- array()
x <- 1
for (i in 1970:2013){
  Sys.sleep(1)
  r <- EUtilsSummary('retrotransposon', type='esearch', db='pubmed', mindate=i, maxdate=i)
  tally[x] <- QueryCount(r)
  x <- x + 1
}

names(tally) <- 1970:2013　#列に名前を付ける
max(tally)
barplot(tally, las=2, ylim=c(0,600), main="Number of PubMed articles containing retrotransposon")

実行結果は以下のようになります。