Google App Engineでjinja2を使えるようにするには、設定ファイル(app.yaml)のlibrariesエントリにjinja2の設定を追加すればOKです。
application: xxxxxxxxx version: 1 runtime: python27 api_version: 1 threadsafe: yes handlers: - url: /favicon\.ico static_files: favicon.ico upload: favicon\.ico - url: .* script: main.app libraries: - name: webapp2 version: "2.5.2" - name: jinja2 version: "2.6"