オープンデータとプログラミング

メタボロミクスのオープン データ

http://blogs.biomedcentral.com/gigablog/2015/05/13/gigascience-pushes-metabolomics-open-data-training/

大規模な生物学的データに対する我々の関心で、質量分析は特に興味がある1つの地域と注意でした。
代謝学は、小分子(代謝物質)の探知と定量化を質量分析計を使っている生きている生物に関係させます。
代謝物質のアブ非ダンスを決定する計算計画を使って、これらの高度な手段からなされる寸法は分析されます。そして、それの結果は生物の細胞状態と健康の徴候を提供することができます。これらのデータはEBIのMetaboLightsデータベースのような公的な貯蔵所で格納されることができて、共有されることができます。そして、それは2012年に始まりました。しかし、データ共有には、行くが、フィールドで学術論文の公表と足並みをそろえる若干の方法があります。

これを申し出るために、EBI、バーミンガムのUniversities、マンチェスターとオックスフォード(BGIとGigaScienceによるセインズブリー研究所とTGAC)間の新しい協力関係は、代謝学でデータと分析を共有することを支えるために、英国のBBSRCから資金を受領しました。
これは、我々の第2のBBSRC英国-中国協同補助金です、組織を手伝っている1我々「あなた自身のDataを持ってきます」昨年(我々の批評を見ます)中国のhackathon、そのうえ、バーミンガム大学で開いた代謝学仕事の流れに取り組む協同(そして、NERC資金提供)を続きます。

その第100の公的なデータセットを発表するためにすぐに新しいデータ共有生態系With MetaboLightsに種をまいて、パブリックドメインで増大する質量分析データ量を見ることは励みになります、しかし、このコミュニティに開放されて、たとえばジェノミクス・コミュニティに同程度のレベルで彼らの生のデータセットを共有させに行く長い道のりがまだあります。
これは、特に臨床で参照データセット(より従来でないアプリケーションだけでなく)に賛成です。
パブリックドメインにより生物学的データの公開をincentivizingする目的で、最後の月に、我々は、彼らを記載している最初の代謝学データセットとData注記事を発表しました。
これらで最初のものは、好ましい母の妊娠からデータを180のプラズマ・サンプルから記述して、自由にします。
賞(BB/J020265/1)と協力しているBBSRC英国-中国の一部としてのオックスフォードeリサーチセンター大学のISAチームと協力して、この出版は、この8月香港に我々のBYOD党から来る最初です。
データはMetaboLights(MTBLS146)で主催されて、そのうえ我々のGigaDB.org貯蔵所に映ります。

第2のData注は最初の一般公開されている質量分光画像化データセットです。

質量分光画像化データセットへのリンク

そして、とても役に立つ(集中的データならば)技術が彼らの分子量によって化学組成の空間分布を視覚化するのに用いられます。
100GBのデータの近くにメイクアップして、これは4つの3D MALDIイメージングMSデータセットを含みます。そして、ネズミ組織(ヒト結腸直腸腺癌組織からのヒト組織と微生物植民地サンプルと3D DESIイメージングMSデータセット)から何百万もの範囲から成ります。
imzMLフォーマット・ファイル(より速いAsperaアクセスだけでなく)と相互作用するために、GigaDBの支えるデータも、コード・スクリプトを含みます。
このデータセットは野良犬動作の最終的なタッチも現在MetaboLights(MTBLS176)で経ています、そして、我々がより大きな標準とインターオペラビリティに努めて、コミュニティによってうまくいけば採用されるMS画像化データのために、そこのチームは新しいISA仕様を生じました。
その第100の公的なデータセットを発表するためにすぐに新しいデータ共有生態系With MetaboLightsに種をまいて、パブリックドメインで増大する質量分析データ量を見ることは励みになります、しかし、このコミュニティに開放されて、たとえばジェノミクス・コミュニティに同程度のレベルで彼らの生のデータセットを共有させに行く長い道のりがまだあります。
これは、特に臨床で参照データセット(より従来でないアプリケーションだけでなく)に賛成です。
パブリックドメインにより生物学的データの公開をincentivizingする目的で、最後の月に、我々は、彼らを記載している最初の代謝学データセットとData注記事を発表しました。
これらで最初のものは、好ましい母の妊娠からデータを180のプラズマ・サンプルから記述して、自由にします。
この出版は、この8月、香港の我々のBYOD党から来る最初です、賞と協力しているBBSRC英国-中国の一部としてのオックスフォードeリサーチセンター大学のISAチームと協力して(BB/J020265/1)。
データはMetaboLights(MTBLS146)で主催されて、そのうえ我々のGigaDB.org貯蔵所に映ります。

第2のData注は最初の一般公開されている質量分光画像化データセットです。そして、とても役に立つ(集中的データならば)技術が彼らの分子量によって化学組成の空間分布を視覚化するのに用いられます。
100GBのデータの近くにメイクアップして、これは4つの3D MALDIイメージングMSデータセットを含みます。そして、ネズミ組織(ヒト結腸直腸腺癌組織からのヒト組織と微生物植民地サンプルと3D DESIイメージングMSデータセット)から何百万もの範囲から成ります。
imzMLフォーマット・ファイル(より速いAsperaアクセスだけでなく)と相互作用するために、GigaDBの支えるデータも、コード・スクリプトを含みます。
このデータセットは野良犬動作の最終的なタッチも現在MetaboLights(MTBLS176)で経ています、そして、我々がより大きな標準とインターオペラビリティに努めて、コミュニティによってうまくいけば採用されるMS画像化データのために、そこのチームは新しいISA仕様を生じました。

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